W 1858 roku w żydowskiej dzielnicy Bolonii żołnierze papieża Piusa IX wdzierają się do domu rodziny Salomone Mortary. Z rozkazu kardynała mają zabrać jego syna, 6-letniego Edgardo. W niemowlęctwie chłopiec został potajemnie ochrzczony przez opiekunkę, przez co zgodnie z papieskim prawem musi zostać wychowany w wierze katolickiej. Rodzice Edgardo robią wszystko, by odzyskać syna, jednak mimo że są popierani przez opinię publiczną i międzynarodową społeczność żydowską, a nawet przez cesarza Napoleona III, Kościół katolicki i papież Pius IX nie zgadzają się na zmianę doktryny i zwrot dziecka. Chłopiec będzie odtąd wychowywany i indoktrynowany w katolickiej szkole prowadzonej przez księży.
Film Marco Bellocchia jest oparty na wydanej w roku 1997 biografii autorstwa pisarza i dziennikarza Daniele Scalisego „Il caso Mortara: la vera historia del bambino ebreo rapito del papa”.